El Programa Sur/Sur de CLACSO está destinado a brindar un entorno académico inter-regional para discutir problemáticas sociales contemporáneas de interés común en África, América Latina y Asia. El objetivo es fomentar la producción de un pensamiento crítico con una visión desde el Sur, a partir del conocimiento de las realidades regionales.

El programa promueve la realización de actividades tendientes a:

• apoyar la organización de eventos académicos regionales –en cooperación con otras instituciones- orientados a construir espacios de intercambio para estimular la reflexión conjunta;
• fomentar el intercambio entre investigadores, docentes y especialistas de redes de información regional (bibliotecarios, editores de publicaciones y coordinadores de redes de comunicación electrónica);
• detectar grupos con proyectos de investigación regionales que permitan desarrollar estudios comparativos;
• contribuir con la publicación de los resultados alcanzados en las investigaciones sobre  temas de interés común en África, América Latina y Asia.

Este Programa viene implementándose desde 1990, con sucesivos apoyos de instituciones internacionales como la OCDE (Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económco) y el  IDRC (Centro de Investigación Internacional para el Desarrollo), y más recientemente gracias al apoyo de  ASDI/SAREC (Agencia Sueca de Desarrollo Internacional/Departamento  de Cooperación para la Investigación).

Inicialmente el objetivo del programa apuntaba a fomentar la cooperación académica entre América Latina y África, consolidándose de esta forma una primera etapa de cooperacion Sur/Sur (Programa de Cooperación América Latina-África). Desde hace cinco años se está desarrollando bajo los auspicios de ASDI un nuevo proyecto de cooperación en donde convergen centros académicos africanos, asiáticos y latinoamericanos. En 2005 un proyecto trianual ha sido aprobado y se encuentra ya en su fase de implementación (Programa de Colaboración Académica África-América Latina-Asia).