Se encuentra conformado por los siguientes sectores:

Tesorería: encargado del manejo financiero de la Institución y de efectuar la cobranza de cuotas a Centros Miembros, realizar pagos de salarios y proveedores y realizar transferencias de fondos a las entidades organizadoras de eventos en los cuales CLACSO participa.

Contabilidad: realiza el control de la documentación respaldatoria de todos los movimientos financieros y patrimoniales de la entidad, así como el registro de las mismas en el sistema contable. También es responsable de la emisión del balance anual y de reportes de gestión solicitados por la Secretaría Ejecutiva y por los entes financiadores. Asimismo se encarga de administrar los principales aspectos de los recursos humanos de la institución.

Legales: a través del asesoramiento externo realizado por profesionales en materia legal, se encarga de dar cumplimiento de las obligaciones legales y fiscales que la entidad tiene ante las autoridades argentinas.