El Estado colombiano ha desarrollado una política de enfoque diferencial étnico acompasada de mecanismos para garantizar una protección constitucional preferente a los grupos indígenas en Colombia, colectivos en circunstancias de debilidad manifiesta dentro del conflicto armado, dada la gravedad y amplio número de acciones como el desplazamiento forzado del que han sido víctimas y que ponen en peligro su existencia y el goce de sus derechos constitucionales y colectivos, en especial aquellos relacionados con su identidad y territorio.

El Acuerdo Final para la terminación del conflicto y la construcción de una paz estable y duradera en Colombia, incorpora en su capítulo étnico algunos componentes prioritarios que ponen sobre la mesa diversas propuestas y ejes de acción centrales que van desde una reforma rural, atención a víctimas y mecanismos de coordinación con la jurisdicción indígena, consulta previa, participación en política, cultivos ilícitos, garantías de seguridad hasta la creación de estrategias para su implementación y verificación.
Por consiguiente, tras la firma del Acuerdo Final para la terminación del conflicto y la construcción de una paz estable y duradera, uno de los mayores desafíos para el gobierno se cierne en la creación de una Jurisdicción Especial para la Paz ( JEP) en el marco del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y no repetición (SIVJRNR), que toma forma jurídica con el Acto Legislativo 01 de 2017, en el cual se crean disposiciones transitorias para la implementación del acuerdo, hecho que supone también la apuesta de diseño de mecanismos judiciales, extrajudiciales, participativos como también de coordinación y articulación entre las llamadas Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) y la Jurisdicción Especial Indígena (JEI) dada la posibilidad de una eventual colisión de competencias, translapes e interferencias que hacen valioso aportar propuestas para lograr una coordinación interjurisdiccional armonizada y coordinada como principio orientador del SIVJRNR.
El proyecto de investigación desarrollado, ha explorado posibles mecanismos que se implementarán para articular y coordinar la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) con la Jurisdicción Especial Indígena (JEI) en marco del Acuerdo Final para la terminación del conflicto y la construcción de una paz estable y duradera, para tal efecto se ha realizado un levantamiento documental posible por medio del análisis de textos académicos e información oficial, desarrollo, legislativo y jurisprudencial, investigaciones y demás informes de organizaciones indígenas como la ONIC, del cual se desprenden los siguientes hallazgos y retos :
a) Conflictos de competencia: la revisión de constitucionalidad del acto legislativo 01 de 2018, declara inconstitucional su artículo 9 transitorio en cual se establecía como regla que la resolución de un conflicto de competencias queda radicado en el Presidente de una de las jurisdicciones, por el contrario la sentencia C- 674 de 2017 señaló que la Corte Consitucional asumiría la resolución de los conflictos de Competencia entre la JEP y la JEI , atendiendo a las reglas constitucionales ampliamente desarrolladas sobre límites a la autonomía de la jurisdicción indígena, coordinación interjurisdiccional, principio de imparcialidad y separación de poderes, hecho que permite la solución de un preliminar problema de competencia por vía jurisprudencial.
b) Coordinación interjurisdiccional: que propone la implementación de intérpretes y traductores, tratamiento diferencial a víctimas de violencia sexual en especial mujeres indígenas, audiencias en territorios (ocurrencia de hechos, pertenencia étnica de la víctima o comparecientes).
c) Mecanismos de articulación y coordinación, dentro de los cuales se destacan: Comunicación intercultural e interjurisdiccional, notificación por autoridad, armonización intercultural, Centros de armonización indígena, escuelas de derecho propio, garantías presupuestales, protocolos de reincorporación, cumplimiento de sanciones y articulación con centros penitenciarios, promoción y recomendación de medidas especiales de protección, estudios sobre justicia propia, entre otros.
d) Consulta previa y garantía de los derechos étnicos en las actuaciones de la JEP, que se aplicaran de forma preferente y bajo aplicación integrativa con el Convenio 169 de la OIT, la Constitución Política y los decretos leyes 4633,4634 y4635 de 2011.
Los anteriores son los hallazgos preliminares obtenidos en el desarrollo del proyecto de investigación que esperan aportar nuevas propuestas para el fortalecimiento de la paz y nuevos desafíos para las trayectorias de las “justicias” en Colombia, creando espacios de enunciación a los retos nacientes en el seno del pluralismo jurídico reconocido constitucionalmente en Colombia, en especial con el propósito de articular y coordinar la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) y la Jurisdicción Especial Indígena(JEI) como parte de la aplicación de los acuerdos de paz.