Don Samuel Ruiz, Obispo de la diócesis de San Cristóbal encabezó un movimiento de renovación pastoral en su territorio, influido por los cambios que al interior de la iglesia había traido el Concilio Vaticano II y el movimiento liberacionista gestado entre los obispos de América Latina, reunidos en las conferencias del CELAM. No estaba solo en esta empresa; formaba parte de una corriente de sacerdotes que en el área del Istmo centroamericano se comprometía con la opción preferencial por los pobres, y la construcción de una iglesia autóctona. Una particularidad del trabajo pastoral en la diócesis era que, debido a su mayoritaria composición indígena, imponía una serie de retos al trabajo misionero que fueron zanjados por la propuesta de una inculturación del evangelio, que partiendo de reconocer las semillas del Verbo en toda cultura, aceptaba incorporar a la liturgia de la Iglesia, algunos elementos de la religiosidad indígena.
El propósito de este trabajo es comprender la manera en que las nuevas pautas de la misión católica entre los desplazados establecidos en la ciudad de San Cristóbal de Las Casas, ha permitido la emergencia de una iglesia nativa que congrega a desplazados de sus comunidades de origen por conflictos religiosos y políticos que aparecieron desde la década de los años de 1970 y se generalizaron después del levantamiento zapatista de 1994 .
Los desplazamientos del campo a la ciudad por parte de miles de familias indígenas que huyeron o fueron expulsadas de sus comunidades por este tipo de conflictos, se nutrieron de masivos contingentes de campesinos que llegaron a la periferia de la ciudad, donde se establecieron siguiendo las pautas de organización de sus localidades rurales, pues se vieron obligados a colonizar las pendientes montañosas que rodean al pequeño valle donde se ubica al ciudad, que carecía de los servicios urbanos.
En este nuevo contexto, las iglesias jugaron un importante papel en el establecimiento de la población desplazada en la ciudad, proporcionando una red organizativa que proporcionaba a los migrantes, un valioso capital social para encontrar vivienda, empleo, o enfrentar alguna urgencia familiar. Evangélicos y católicos que se congregaban con el trabajo de la diócesis fueron los primeros desplazados en llegar a la ciudad.
Frente al éxito que parecían tener los grupos evangélicos, la misión católica que había tenido enfrentamientos con los caciques chamulas, empezó a congregar a los indígenas urbanos en el templo Caridad, a un lado de la Iglesia de Sto Domingo. La orden dominica tomó a su cargo este trabajo pastoral, como parte del área tsotsil de la diócesis. Fue en el 2006 cuando se inauguró en el periférico de la ciudad, la parroquia de San Juan Diego, cuya construcción fue alentada por un catequista de origen Chamula, que con el tiempo se convertiría en diácono. El trabajo de evangelización iniciado en el templo Caridad, pasó entonces a esta parroquia. Iimpulsado por catequistas, ministros y diáconos del área, el trabajo de evangelización empezó a atraer no sólo a las localidades indígenas situadas en el área rural del municipio, sino también a comunidades de los vecinos municipios de Chamula, Zinacantán y Teopisca, que aunque pertenecían territorialmente a otras parroquias, se adhirieron a la parroquia de San Juan Diego.
El contexto en que ha surgido esta iglesia nativa, la ha convertido en una poderosa red organizativa que, en el corazón de las colonias de desplazados indígenas del periférico norte de la ciudad está siendo recuperada como un espacio institucional y simbólico, donde se habla en su lengua, hay autoridades propias, y su ritualidad es reconocida y reelaborada a partir de nuevas influencias religiosas.
Aunque la diócesis ha propuesto varias innovaciones de carácter pastoral, aquí se discute la manera en que éstas han sido recuperadas por la feligresía, ignorando algunas y haciendo propias otras. El análisis de este caso muestra la complejidad del proceso, en el que convergen múltiples actores, que incluyen misioneros, religiosas, y diversas comunidades, con intereses específicos.